Viimeisen jääkauden mannerjäätikkö suli Juojärven kohdalta noin 9 200 eKr. ja maat paljastuivat Baltian Jääjärven alta melko pian tämän jälkeen noin 10000 vuotta sitten. Keskelle järviallasta mannerjää jätti sulaessaan pitkittäisharjumuodostuman, josta muodostuivat mm. Jäätsalon saaren harjanteet ja Laitosaari. Tälle maa- ja kallioperälle kehittyivät seuraavina vuosituhansina pohjoisen havumetsän elinympäristöt niille luonteenomaisine kasveineen ja eläimineen.

Juojärvi poikkeaa vaikkapa Saimaasta siinä, että sen veden pinnan asema, 101 metriä merenpinnasta, ei tänä päivänä kovin paljon poikkea siitä tasosta, missä se oli jo lähes 10 000 vuotta sitten. Korkeimmillaan järven pinta oli 4 800 eKr., noin 104 metriä merenpinnasta. Tuohon saakka vedet laskivat pohjoiseen ja sen jälkeen lasku-uoma purkautui etelään, todennäköisesti Varistaipaleen kohdalle. Järvi oli siis jo kivikauden ihmisille lähes samanmuotoinen ja rannoiltaan sellainen kuin mekin sen tunnemme. Esihistoriallisia rantasidonnaisia muinaisjäännöksiä Juojärven ympäristössä esiintyy järven nykyisestä rantaviivasta noin kahdeksan metrin korkeustasolle asti.

Jääkauden jälkeisellä preboreaalikaudella (8000 – 6800 eKr.) metsät olivat koivuvaltaisia, mutta sekapuuna kasvoi myös mäntyä, kuusta ja harmaaleppää. Tämän kauden loppuun mennessä, eli siis noin 9000 vuotta sitten, saapui jo pääosa metsien, soiden, vesien ja rantojen nykyisestä valtalajistosta. Boreaalikaudella (6800 – 5500 eKr.), joka vastaa Itämeren kehityshistoriassa Ancylus-järven aikaa, metsät muuttuivat mäntyvaltaisiksi. Ilmasto oli kuivan lämmin ja ainakin lievästi mantereinen. Silloin kasvien vaellusta tapahtui Juojärven alueelle ensi sijassa kaakosta ja etelästä, Aunuksen ja Karjalan kannaksen kautta.